Por esta razón, la Facultad contempla en cada uno de sus departamentos de Ciencias Básicas la realización de programas académicos en tres líneas:

- Académica : Principalmente destinada a la transferencia y generación de conocimiento científico a través de la investigación.
- Pedagógica : En esta área de la Educación en Ciencias, la Facultad contribuye a la prepración de profesionales que sean creativos, críticos e innovadores y que puedan afrontar apropiadamente los desafíos educacionales del próximo siglo.
- Ciencias Aplicadas : Destinada al desarrollo de líneas de investigación que posibiliten la aplicación del conocimiento básico creado para solucionar los problemas que aquejan a la comunidad.

La Facultad también proporciona un fuerte apoyo en Ciencias Básicas a todas las áreas de la ingeniería y educación de la Universidad, con el objeto de integrar adecuadamente las diferentes vertientes del conocimiento.